是的，有可能。經過對一些典型水運工程進行測算：A.當工程中石料（綜合抵扣率4.14%左右）等比重較大時，按增值稅計算的工程造價比按舊營業稅計算的工程造價會上漲。B.象疏浚工程中柴油（16.15%）等比重較大時，可能會出現整個工程的增值稅進項稅額比銷項稅額多，從而按計價程序計算出來的應納稅額為負數。